赤という色には、魔よけの意味があると言われております。神社仏閣でも赤い色をした柱などご覧になったことがあると思います。
雛まつりは、節句の行事の一つですから、お家の中にお供え物をして神様に来てもらいお願い事をするというのが、大前提で、行われております。そこで神様に来てもらう神聖な場所をお家の中に作るため赤い敷物をしています。